游戏接续《红色警戒2》的剧情，讲述了尤里在逃脱盟国抓捕后，启动了大战期间悄悄搭建在全球各地的心灵控制器，企图控制全人类的心灵。不论是盟军还是苏联，此时反抗已经为时已晚，唯一的办法就是利用时间机器回到大战初期改写历史。

　　战役依然分为盟军篇和苏联篇。如果玩家扮演盟军指挥官，最终能在南极活捉尤里，并将他终身囚禁在心灵隔离室中；如果玩家扮演苏联指挥官，苏军将抢夺时间机器回到过去，挫败尤里的阴谋，逆转了苏联战败的命运，最终征服地球，开始向外太空发展。